「敵が北上を続けている。直ちに救援を求む！」
　敵の激しい攻撃に押されて後退を続ける山岳軍部隊から、火の出るような通信が連日届いた。山岳軍部隊が敗北し中央山脈が敵のものになれば、帝国の大軍が怒涛のように共和国になだれ込むのは明らかだった。共和国は大きな危機に襲われようとしていた。
　
　ヘリック大統領の参加のもとに、緊急作戦会議が開かれた。
「新型ゾイドを中央山脈に派遣して、帝国軍を国境の彼方に叩き出しましょう」
　山岳軍部隊の全滅を恐れる陸軍の将軍が反撃作戦を提案した。他の将軍たちも頷きながら、ヘリックの顔を見守った。
　その時、白いガウンを着た年配の男が立ち上がった。新型ゾイドの産みの親、チェスター教授であった。
「無理です。新型ゾイド、『マッドサンダー』は山岳戦用メカではありません。共和国首都でデスザウラーを叩き伏せるために作られた兵器です。中央山脈に派遣しても、十分な働きはできないでしょう」
　将軍たちは不満の声をあげたが、チェスター教授は一歩も譲らなかった。
　ついにヘリックが口を開いた。
　
「共和国内に駐屯する敵の主力は、中央山脈に移動している。共和国首都の敵もその数を減らしているだろう。首都を取り戻す絶好の機会だ。マッドサンダーを首都に向けて進撃させよ
「中央山脈で苦戦する山岳軍部隊は見殺しにするのですか？」
　ヘリックは強く首を振った。
「空軍は全力をあげて、中央山脈の敵を攻撃せよ。同時に、包囲された山岳軍部隊に、武器、弾薬、食料、燃料、心要な補給物資を空輸し続けるのだ」
　
　ヘリックは、厳しい顔で空軍司令に命令を下した。
「よいか、共和国中の飛行ゾイドを中央山脈に向かわせるのだ」
　
　共和国首都と中央山脈の二箇所に共和国軍の戦力を二つに分ける、危険な両面作戦が開始されようとしていた。どちらかの作戦が失敗すれば、共和国軍に明日は無いのであった。
　
　超巨大ゾイド、マッドサンダーが進撃を開始した。目指すは、懐かしい共和国首都。だが、首都の前には大きな難関が待ち構えていた。歴戦の強者、アイアンコングMK-Ⅱの守る帝国軍前線基地である。