ZAC2054年、暗黒軍の最終兵器「ギル・ベイダー」が、上陸を果たした共和国軍の重要拠点を次々と破壊する。その驚愕の破壊力を前に、本国への撤退を余儀なくされるゾイド部隊、それを尻目に、漆黒のワイバーンは次の獲物を見つけて飛翔する。その先は中央大陸。狙うは共和国首都「ヘリック・シティ」
　高高度・広範囲に渡り幾度と無く爆撃を繰り返すギル・ベイダー。その圧倒的な力の前に、首都防衛ゾイド部隊は次々と倒れていく。日々続く攻撃。甚大な被害、死傷者その数8万人。首都の姿は見る影も無くなっていた。
　窮地に立たされた共和国軍は、新型空戦ゾイド「オルディオス」を開発。これをもって、起死回生の反撃に打って出る…。