だが、両国の存亡をかけた大決戦に決着がつこうとしていたそのころ、ゾイド星の運命を左右する大異変が起きようとしていた。
　はるか宇宙の彼方から、ゾイド星を含むゾイド太陽系に向けて、1つの巨大な彗星が大接近してきたのである。
　
　彗星はゾイド星にある、3つの月のうちの1つに直撃した。
　すさまじい衝撃とともに月は崩壊し、砕け散った破片がゾイド星を襲った。破片は隕石と化して、猛烈な速度でゾイド星の中央大陸の反対側に落下。月の1つを失ったゾイド星は、引力のバランスを崩して地軸がずれ、落下した隕石は大爆発を起こして数十キロもの大クレーターを作った。
　その際の衝撃で地殻変動や大津波が起こり、中央大陸は3つの大陸に引き裂かれ、暗黒大陸の一部は海の中に沈んでいった。
　
　共和国軍と暗黒軍による戦いの結末とともに……。