ゼネバス救出という任務を果たすべく凄まじい進撃を繰り返すオルディオス中隊。その部隊は、特殊戦隊、新型ゾイドで編成されておりバトルパワーは格段にアップされている。
　特にトランスファイターはオルディオス、キングバロン、ゴッドカイザー達と合体フォーメーション作戦を展開、敵中深く侵入し、偵察・破壊工作の危険な任務をこなし、中隊の進撃を助けた。中隊はすでに暗黒大陸デビルズメイズ地帯の暗黒軍を撃破、ついに暗黒首都の目の前まで到達した。
　尚も共和国軍はサンダーカノンを特殊部隊に配備、一気にゼネバス救出作戦を計ろうとしていた。
　
　これに対し暗黒軍は、ガイロス皇帝の指令により共和国軍を完全に破壊すべく暗黒軍最強部隊を発進させた。
　ギル・ベイダーに加え、その流れを汲む変形ゾイド「ガン・ギャラド」を始めとしたガイロスオリジナルのゾイドを投入。ガン・ギャラドは、新型装甲「アイスメタル」によって守られた強固な機体と驚異的な戦闘力を併せ持つ新型ゾイドである。
　これを中心とした少数精鋭の暗黒軍最強部隊により、共和国ゾイド部隊は駆逐されてしまう。首都を目前にその目的は潰えてしまうように見えた。