ZAC2055年、共和国軍は辛くもギル・ベイダーの撃退に成功した。脅威は再度飛来することは無かった。その間に、中央大陸全土の国々による協力の元、次々と生み出される新型ゾイド。そして革新的技術を取り込み、ゾイドの武装に変形する「トランスファイターゾイド」が導入された。

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​　整う戦力にこれを起死回生のチャンスとみて、共和国軍ゾイド部隊は再度、暗黒大陸上陸作戦を敢行する。新たな戦力のゾイドが、守ることのできなかった犠牲者への兵士たちの自責の念が、上陸作戦の活路を開く。目的地は首都「ダークネス」。しかしここには、首都防衛用に温存してあった暗黒軍最強部隊が待ち構えている。